康熙帝曾于内廷设立南书房。此制源于清初。清初从太祖努尔哈赤创业时起，以至诸王、贝勒，皆有书房，内设秀才若干，协助自己读书，兼管文墨。皇太极即位后，将书房改称文馆，命儒臣入直，成为国家正式机构。
所谓文馆仍是书房，只是汉文译法不同，将“书”
“房”改译成“馆”，文馆比书房听起来更文雅一点。为什么国家正式机构仍称书房呢？原来书房系后金汗的私属机构，仍称其旧名，即意味保留了该机构的私属性质，以防止诸王专权。
当时八旗诸王、贝勒兼管六部，唯有文馆和都察院不许兼管。天聪十年，也就是1636年，四月，皇太极改国号为清，改元崇德，同时改文馆为内三院，即内翰林国史院、内翰林秘书院、内翰林弘文院，仍是属于皇帝的内廷机构。
皇太极时期的书房、文馆、内三院，都是抵制诸王、加强皇权的有力武器。清入关后，顺治帝为加强自己的权力，亦欲重建内廷书房。顺治十七年六月，顺治帝命于景运门内建造直房，选翰林院官员分三班值宿，以备“不时召见顾问”。此即内廷书房之雏型。
康熙初年，内三院逐渐成为辅政大臣结党营私、侵犯皇权的工具。因此，康熙剪除鳌拜之后，马上废除内三院，重建内阁和翰林院，并选择翰林入直内廷，设立南书房。
南书房位于乾清宫斜对面，偏西向北，实即乾清门之右阶下。乾清宫之西庑向东者为懋勤殿，殿南为批本处，“又南西出者为月华门，门之南为奏事房。转南向北者为南书房”。据说这里是康熙日日读书处所。
也许康熙即帝位之前，顺治帝曾命他在此课读，但即帝位之后则以设备较好的懋勤殿为书房，而将原书房改成“内廷词臣直庐”。或因其位于皇帝新书房——懋勤殿之南，所以又有人称南书房。
南书房设立时间，一般都说在康熙十六年，实际比这要早，大约在康熙十年前后。最早入直者为沈荃和励杜讷二人。沈荃是江南华亭人，顺治九年，也就是1652年，高中进士，授编修，后转外吏，历任大梁道副使、直隶通蓟道等职，康熙九年，也就是1670年，又坐事遭贬，降为浙江宁波同知，可谓坎坷多难。谁知否极泰来，时来运转。
原来沈荃自幼酷爱书法，与明代大书法家董其昌同乡，素学其字体，颇有几分相似。正巧这时康熙帝正在寻求善书之人，欲学名家书法，得知沈荃之名，便不等他上任，特旨召对，“命作各体书”“诏以原品内用。十年，授侍讲，直南书房”。
后来，康熙对诸子讲述自己的学习经历，说：“及至十七八……更耽好笔墨，有翰林沈荃素学明时董其昌字体，曾教我书法。”康熙帝十七八岁，即康熙九年、十年，与沈荃内用、入直时间完全相符。
励杜讷，直隶静海诸生，亦以善书受知。他于康熙二年应选参与缮写《世祖实录》。
康熙帝访求善书之人，杜讷亦被推荐内用。康熙十一年书成叙劳，授福建福宁州州同，“命留直南书房，食六品俸”。他于康熙二十九年迁侍讲，改任外廷官光禄寺少聊。康熙四十二年，擢刑部侍郎，去世。年初，当时康熙帝五次南巡，驻跸静海县，降谕褒奖励杜讷说：“原任刑部右侍郎励杜讷，向在南书房，效力二十余年，为人敬慎，积有勤劳”，虽然品级不及予谥之例，特赐谥号文恪。他于康熙二十九年之前，在南书房“效力二十余年”，说明早在康熙十年前，他已经参与南书房的活动。
与以上二人几乎同时入直南书房的，还有经筵日讲起居注官、翰林院掌院学士熊赐履。高士奇后来在一份奏疏中列举“前入直诸臣”，其中即提到熊赐履之名。康熙帝对他极为信任，频繁召对，所谈内容极为广泛，凡国计民生、用人行政、弭盗治河、诸子百家，无不论及。
虽未见起草制诰的记载，但咨询、顾问的作用非常明显。
可见，南书房从其设立的初期阶段，实际上已经发挥国家中枢机构的作用。然而，康熙十三年，沈荃外擢国子监祭酒。康熙十四年，熊赐履升为内阁学士，并超授武英殿大学士兼刑部尚书；康熙十五年，他因事夺官，侨居江宁。至此，南书房只剩励杜讷一人，亟待补充。
早在康熙十二年春，他曾想增加南书房入直人员，并赐第内廷。他在御经筵时对学士们说：“朕欲得文学侍从之臣，朝夕置左右，惟经史讲诵是职，给内庐居之，不令外事。”但是，不知何故，此事当时没能实现，可能未选准人才，故拖延下来。
刻，此时康熙学问日益长进，所以急需补充水平更高、才品兼优的儒臣入直南书房，并赐第内廷，以备随时咨询、应对。
康熙帝乃于十二月二十日御门听政时，对大学士勒德洪、明珠说：“朕不时观书写字，近侍内并无博学善书者，以致讲论不能应对。今欲于翰林内选择博学善书者二员，常侍左右，讲究文义。但伊等各供其职，若令仍住城外，则不时宣召，难以即至。着于城内拨给房屋，停其升转，在内侍从几年之后，酌量优用。再如高士奇等善书者，亦着选择一二人，同伊等在内侍从。尔衙门满汉大臣会议具奏。”
内阁大学士李霨、杜立德、冯溥等遵旨会同翰林院掌院学士，选送张英等翰林五员具奏。康熙经过将近一个月酝酿，至十月十八日，选定侍讲学士张英在内供奉，食正四品俸。书写之事，只令高士奇在内供奉，加内阁中书衔，食正六品俸。并传谕二人：“在内供奉，当谨慎勤劳，后必优用，勿得干预外事。”
这时入直南书房的有张英、高士奇、励杜讷三人，均于皇城之内赐第。张英、高士奇赐居西安门内，励杜讷赐第厚载门。汉官赐第皇城之内自此始。此后赐第皇城者还有康熙二十年入直南书房的朱彝尊，赐宅在景山北黄瓦门东南。
自从张英、高士奇入直起，南书房发展到一个新阶段。入直南书房的内廷翰林，不仅辅导皇帝读书写字、提升学业、时备顾问，还代拟谕旨、编辑典籍，使得南书房在交流民族文化、缓和民族矛盾方面也发挥了极为重大作用。
张英，字敦复，江南桐城人，康熙六年进士，选庶吉士。康熙十二年七月，以翰林院编修充日讲起居注官，在皇帝身边工作；入直南书房后，成了皇帝的亲密顾问。他每天“辰而入，终戌而退”，即从早七时到晚九时都在南书房工作。史载：“退或复宣召，辍食趋宫门，慎密恪勤，上益器之。幸南苑及巡行四方，必以英从。一时制诰，多出其手。”皇帝称赞他“供奉内廷，日侍左右，恪恭匪懈，勤慎可嘉”。
第，觅馆为生，卖文自给，并书写春联、扇面，遍赠朝贵悍仆。后被大学士吏部尚书明珠发现，荐于内廷，授詹事府录事。皇帝一见甚为满意，特旨选入南书房，从事“书写密谕及编辑讲章、诗文”等事，甚至也参与起草诏书，自称：“有时召余至内殿草制，或月上乃归。”
至于励杜讷是否参与草制，未见明确记载。但礼亲王代善的后代昭则认为几乎所有词臣都参与这一工作。他写道：“本朝自仁庙建立南书房于乾清门右阶下，拣择词臣才品兼优者充之，康熙中谕旨，皆其拟进。”
这里当然也会包括励杜讷。
然而南书房并不撰拟一般性质诏旨，而只起草“特颁”之诏旨。它与内阁、议政处关系是：“章疏票拟，主之内阁。军国机要，主之议政处。”
若特颁诏旨，由南书房翰林视草”，完全类似现代的机要秘书处。继张英、高士奇之后，康熙帝于十七年闰三月二十八日又“召翰林院掌院学士陈廷敬、侍读学士叶方蔼、侍读王士祯入侍内廷”。此后至康熙二十七年之前，陆续入直的还有张玉书、孙在丰、朱彝尊、徐乾学、王鸿绪、陈元龙、戴梓等人。
其中关于著名诗人王士祯入直南书房，还有一段小插曲。王士祯原为户部郎中，由于张英等人的推荐，从部曹改为词臣。张英盛赞士祯诗名，康熙亦大略知道情况，因召入懋勤殿，出题面试，令其赋诗。士祯诗思本迟滞，加以部曹小臣，乍者见天颜，战栗不已，竟不能成一字。张英万分焦急忙代作诗草，撮为墨丸，私置案侧，使士祯得以完卷。康熙帝见此光景，装作不知，边看卷，边笑问张英：“人言王某诗为丰神妙悟，何以整洁殊似卿笔？”
张英掩饰说：“王某诗人之笔，定当胜臣多许。”皇帝亦未加深究，改王士祯为翰林侍讲，迁侍读，并入直南书房，“因之得置高位”。有清一代从部曹改词臣者共六人，唯有王士祯得以入直南书房，由此可见康熙对儒臣的信任和优容。
康熙二十年平定“三藩”叛乱之后，南书房的主要工作转入以修书为任日讲起居注官，入直南书房，其主要任务仍是讲读和修书，不经常直接参与政事，故其诗云：“讲直华光殿，居移履道坊。……承恩还自哂，报国只文章。”
江南昆山人徐乾学，于康熙二十四年入直南书房之后，擢内阁学士，充《大清会典》《一统治》副总裁，教习庶吉士，与学士张英日侍左右，“凡著作之任，皆以属之”。至康熙三十三年，也就是1694年，农历五月，实行翰澹诸臣普遍轮流入直南书房之制。
康熙帝谕令礼部尚书兼翰林院掌院学士张英说：“翰林系文学亲近之臣，向因日讲，时时进见，可以察其言语举止。近日进见稀少，讲官侍班不过顷刻，岂能深悉？著将翰林院、詹事府、国子监官员，每日轮四员入直南书房，朕不时咨询，可以知其人之能否，以备擢用。”
凡入直者，不论官职高低，亦不管原来是否为翰林院官员，均授以翰林职衔，称南书房翰林。如内阁中书高士奇、食原品州同俸励杜讷，入直数年之后，至康熙十九年五月，分别授为侍讲和编修。王士祯则于入直之前改侍讲、迁侍读。浙江钱人戴梓以军功入见，也是试“春日早朝”诗，授侍讲之后，“与高士奇同直南书房”。
此后入直者“特赐进士”之例甚多，如史载“高邮贾国维，以工书侍内廷食俸，圣祖常以内翰林呼之，举顺天乡试，以冒籍被劾，蒙恩赐复会试，落第，又特赐进士，一体殿试，遂以第三人及第”；无锡杜云川，以诸生迎圣祖驾于惠山，献词，蒙召见御舟，后被召至京入直南书房，命纂修《历代诗余》《词谱》，参加康熙五十年乡试及次年会试，“钦赐进士”。白衣入直者唯桐城方苞一人。
方苞以《南山集》案牵连入狱，因其文才素著，康熙帝于五十二年宥其罪，出狱隶汉军，试过文才之后，“命以白衣入直南书房”，但不久又“移蒙养斋，编校乐律”。
清朝中央机构一般都是满汉复职制，唯有南书房基本都是汉人。康熙后期始有个别满人入直，如三十三年佟国纲次子法海中进士，改庶吉士，“命在南书房行走”
康熙与入直诸臣吟诗作画，钓鱼赏花，剖析经义，讨论时政，无异同堂师友，感情极为融洽。他还向沈荃学习书法，沈亦悉心指教，“每侍圣祖书，下笔即指其弊，兼析其由”。康熙不仅不恼，反“深喜其忠益”。
直到沈荃离开南书房几年以后，康熙仍然经常将其召入内殿，优礼有加，并将临摹字体赐之，以求指正。其后沈荃子宗敬，以编修入直，康熙命作大小行楷，犹忆及往事，使内侍传谕李光地说：“朕初学书，宗敬之父荃实侍，屡指陈得实，至今每作书，未尝不思荃之勤也。”
康熙帝喜欢高士奇才智敏捷，“好学能文”，吟诗、书画，无所不能，凡出巡、狩猎必令同亲近侍卫并马扈从。高士奇也确能领会意图，处事应对使皇帝满意。
有一天皇帝狩猎时，因马蹶险些坠地，心中有些不高兴。高士奇听到后，便故意把自己弄得满身污泥，“趋于侍侧”。康熙很奇怪，问他何以弄得这般模样。士奇谎答：“臣适落马坠积潴中，衣未及浣也。”康熙听后大笑说，你们南人竟至如此懦弱，“适朕马屡蹶，竟未坠骑也”。与之相比，自己仍不失为勇武之君，不快之感，顿然消失。
康熙帝于二十三年九月第一次南巡，一路由高士奇扈从陪伴，登攀泰山，观阅河工，考察风土人情，游览名胜古迹。二十四日，乘沙船至京口，次早登金山，游龙祥寺，登高远眺，纵目千里，“题江天一览四字，并赋二诗”。
据说康熙游至龙祥寺，寺僧求赐额，正考虑未定，士奇送上一纸，上书“江天一览”四字，康熙一见，正合心意，即蘸墨书写，由于是触景生情之作，笔锋犹为刚劲有力。晚上登舟扬帆，顺风飞进，一昼夜行三百六十里达苏州。
康熙游狮子林，见设计奇妙，非寻常蹊径，连称“真有趣”。后赐额也是采纳士奇建议，去“有”字，书“真趣”。皇帝每天由士奇扈从游览，晚上亦由士奇陪同读书，简直达到时刻不可分离的程度。
据康熙亲笔所书《南巡笔记》记载：“夜坐舟中与侍臣高士奇探论或赋一诗，每至漏下三十刻不倦，日以为常。”
第二次南巡是康熙二十八年正月，时士奇已因张行贿案牵连被解任。康熙仍令扈从，并直达士奇原籍杭州，亲临其家西溪山庄，御书“竹窗”榜额赐之。游灵隐寺，寺僧跪求赐额。康熙提笔写字，因误将“靈”的雨字头写得过大，其下实在难以对仗。
正踌躇间，高士奇于手掌上写“雲林”二字，在假装磨墨时，边磨边侧着手给皇帝瞄。康熙帝心领神会，赶紧在雨字头下面弯了两下，写下了“雲林禅寺”四字。灵隐寺就这样变成“雲林寺”了。
康熙帝对入直者，以师友之情，备加信任，不次擢用。张英入直不满三年，即被指名提升为翰林院学士兼礼部侍郎，后晋礼部尚书兼翰林院掌院学士，仍管詹事府事；康熙三十八年，即致仕前两年，又拜文华殿大学士兼礼部尚书、经筵讲官，仍“总督南书房”。康熙称赞他“始终敬慎，有古大臣风”。
康熙四十年张英致仕后，康熙南巡仍一再召见，询问地方吏治。自张英之后，桐城张氏日益显赫，“以科第世其家，四世皆为讲官”，子孙五人入直南书房。其子廷玉历事康熙、雍正、乾隆三朝，官至保和殿大学士兼吏部尚书、军机大臣，总理事务，进三等伯，死后配享太庙。励杜讷以诸生受知，入直后加封博学宏词科，授编修，迁侍讲，转外吏后历任光禄寺少卿、宗人府府丞、左副都御史、刑部侍郎等职。自他发迹，“子孙继起，四世皆入翰林”，三世入直南书房。其他入直者，亦有不少人成为达官显贵。如陈廷敬、张玉书官至尚书、大学士，王士祯、徐乾学官至刑部尚书，王鸿绪官至左都御史，叶方蔼官至刑部侍郎，孙在丰官至工部侍郎等等。
入直诸臣如有过失，康熙亦尽量加以保全。特别是大学士熊赐履，他于康熙十五年因票拟错误欲诿咎另一大学士杜立德，“改写草签，复私取嚼毁，失大臣体，革职”，侨居江宁。康熙帝念及他的才能及其对自己事业的杰出贡献，第一次南巡至江宁，曾亲切召见，御书“经义斋”匾额康熙三十四年，其弟熊赐瓒以奏对欺饰下狱，御史借机疏劾吏部选官以意高下，尚书熊赐履窃道学虚名，负恩溺职，请予严惩。都察院议欲降三级调用。康熙不仅不问，并赦其弟赐瓒，更于康熙三十八年授熊赐履东阁大学士兼吏部尚书，充《圣训》《实录》《方略》《明史》等大型丛书总裁官。
康熙四十二年，熊赐履以年老乞休，温旨许解机务，仍食俸，留京备顾问，“以示优眷”。康熙四十八年，去世，命礼部遣官视丧，赐银千两，赠太子太保，谥曰“文端”。康熙五十一年，犹忆及熊赐履讲幄、辅弼之功，命吏部擢用其子，下令说：“原任大学士熊赐履，夙学老成，历任多年。朕初立讲官，熊赐履早夜惟勤，未尝不以内圣外王之道，正心修身之本，直言讲论，务得至理而后已。且品行清正，学问优长，身殁以后，朕屡加赐恤，至今犹轸于怀。原任大学士张英、张玉书，朕因眷念旧劳，擢用其子，熊赐履之子自应一例推恩，著调取来京，酌量录用，以示不忘耆旧之意。”后因其子年幼，“命俟年壮录用”。
康熙二十七年，也就是1688年，法司逮问湖广巡抚张痠，审问其贪污行贿事，供词涉及工部尚书陈廷敬、刑部尚书徐乾学、左都御史王鸿绪、少詹事高士奇。康熙帝闻报降谕，戒勿株连，仅依法处置张痠等审实人犯，其他“置弗问”。四人感到无颜出入禁廷，分别疏请致仕。
康熙见他（陈廷敬）留任有困难，便“准以原官解任”，但仍领修书事，“其修书总裁等项，著照旧管理”。并且，不到两年，又于康熙二十九年二月重新起用陈廷敬为左都御史，七月，迁工部尚书，此后，历任户部尚书、吏部尚书、文渊阁大学士等职。至康熙四十九年十一月以耳病休致之后，到第二年，复召入直办事，康熙五十一年四月，卒于京师。康熙命皇三子率侍卫大臣奠酒，并御制挽诗，加祭一次，谥曰“文贞”。
高士奇等解职之后，也都保留修书副总裁、总裁等头衔，照常出入禁廷。然而御史等仍攻击不止。次年九月，左都御史郭诱再次专疏劾奏高士奇、王鸿绪等“植党营私”“奸贪坏法”等罪状，“仰请皇上立赐罢谴，明正典刑”
过科举而“招摇纳贿”诸弊，并引“五方宝物归东海，万国金珠贡澹人”之谣以证。
康熙对高士奇等人贪墨之事早有所闻，尝对近侍说：“诸臣为秀才，皆徒步布素。一朝得位，便高轩驷马，八驺拥护，皆何所来赀可细究乎！”因极力保全，不欲细究，故接到劾疏之后，仅令高士奇、王鸿绪等人“休致回籍”。
康熙对徐乾学更为优容，尽管许三礼列举一系列贪赃枉法事实，人赃俱在，仍不处理，仅以给假省墓名义回籍。徐乾学等回籍之后，地方官员仍复吹求不已。江苏巡抚郑端，根据加派获罪嘉定知县闻在上招供，尝以银分馈徐乾学子徐树敏及王鸿绪，便上疏劾乾学纵子行诈，鸿绪竟染赃银，有玷大臣名节，“乞敕部严议”。
康熙览奏，降谕制止说：“朕崇尚德教，蠲涤烦苛。凡大小臣工，咸思恩礼下逮，曲全始终；即因事放归，仍令各安田里。近见诸臣彼此倾轧，伐异党同，私怨相寻，牵连报复；虽业已解职投闲，仍复吹求不已，株连逮于子弟，颠覆及于身家。朕总揽万机，已三十年，此等情态，知之甚悉。媢嫉倾轧之害，历代皆有，而明季为甚。公家之事，置若罔闻，而分树党援，飞诬排陷，迄无虚日。朕于此等背公误国之人，深切痛恨。自今以往，内外大小诸臣，宜各端心术，尽蠲私忿，共矢公忠。倘仍执迷不悟，复踵前非，朕将穷极根株，悉坐以朋党之罪。”
这时，鸿绪等已被逮捕，等待审讯，因诏书下达而获释。康熙三十三年，康熙帝谕大学士等，举长于文章文学超卓者，王熙、张玉书等荐徐乾学、王鸿绪、高士奇，命来京师修书。乾学已卒，遗书以所篡《一统志》进，诏复故官。
鸿绪至京，授工部尚书，充经筵讲官。康熙四十七年，因保举皇子胤禩为太子，均遭切责，以原品休致，但仍“原衔食俸”，在家修《明史》列传部分，共二百零八卷。康熙五十四年，复召来京师修书，充《省方盛典》总裁官。雍正元年，也就是1723年，卒于京。
授詹事府詹事。后擢为礼部侍郎，以母老未就。康熙四十二年，康熙南巡，士奇迎驾淮安，陪同至杭州，及回銮，复从至京师，屡入对，赐予优渥。
遣归，卒于家。士奇等人因入直书房，与皇帝建立深厚友谊，虽得罪，仍受到保护和任用。
康熙曾向侍臣讲，厚待士奇等人是由于他们对他治学有很大的帮助，说道：“朕初读书，内监授以四子本经，作时文；得士奇，始知学问门径。初见士奇得古人诗文，一览即知其时代，心以为异，未几，朕亦能之。士奇无战阵功，而朕待之厚，以其裨朕学问者大也。”
